В одной из свежих версий программы появилась возможность осуществить привязку товара в накладных прямо в окне импорта, но не вручную, а по ЗШК (заводской штрихкод)
Ранее такая возможность была только при "приеме почты от внешних контрагентов", но в аптеках/офисах где прием накладных делается автоматически, это окно было не доступно.
Выглядит это следующим образом:
Если выбрана вкладка ДОКУМЕНТЫ, то необходимо отметить один или несколько документов (в том числе и от разных поставщиков) клавишей INSERT, после чего нажать на кнопку 
(Привязать товары из отмеченных документов по ЗШК):
Если выбрана вкладка Строки документов, то при нажатии на кнопку (Привязать по товару производителя и страну по отмеченным строкам или по ЗШК) открывается всплывающее меню, в котором имеется пункт Привязать товары по ЗШК (или же можно воспользоваться сочетанием «горячих клавиш» Ctrl+F12:
Программа ищет ЗШК в своей базе, и если находит, то предлагает привязать товар от поставщика к товару из справочника с таким же ЗШК
Строки сразу отмечены красным цветом, что значит программа сделает по ним привязку.
Если заметили не верную привязку (поставщик дал не тот ЗШК, в базе ЗШК не того производителя или не тот товар - особенно может быть при упаковках товаров - например, Шприц №100, а поставщик дает этот же ЗШК на Шприц №1 - в этом случае будет не верная привязка)- необходимо встать на такую строку и нажать кнопку INSERT на клавиатуре - такая строка станет белой, что значит - не будет привязываться автоматически, такую строку придется привязать вручную, как обычно. Далее нажимаем Выбор.
Если программа предлагает все позиции верно, то нажимаем "Выбор".
Если нажать ESC или Отмена или закрыть окно "крестиком", то привязки осуществлены не будут.